Kritik

Bei der Verpressung werden bis zu 2 % Presshilfsmittel, hauptsächlich Roggenmehl und Maismehl, verwendet. Sofern nahrungsmitteltaugliche Mehle eingesetzt werden, stehen diese nicht mehr für die Erzeugung von Nahrungsmitteln zur Verfügung.

Um den steigenden Bedarf nach Holzpellets zu decken, soll Totholz („Waldrestholz“ aus der Forstwirtschaft) zur Pelletherstellung verwendet werden. Umweltorganisationen sehen darin eine Gefahr für den Artenvielfalt im Wald, da totholzabbauende Organismen dann in der Nahrungskette sowie die im Restholz enthaltenen Mineralien fehlen.

Holzpellets werden auch aus Tropenholz („tropical wood pellet“), Kokosnussschalen und Ölpalmkernen hergestellt und international vermarktet. Es ist nicht auszuschließen, dass für diese Art von nicht regenerativer Biomasseproduktion Regenwälder gerodet werden oder Flächen, auf denen Nahrungsmittel angebaut werden können, verwendet werden, um Energiepflanzen anzubauen;  Importe von Tropenholzpellets aus Waldraubbau zur Herstellung von Strom in Biomassekraftwerken und für sonstige Heizzwecke sind daher auch ohne Nachhaltigkeitszertifikate legal.

Nach einer Studie der Österreichischen Gesellschaft für Umwelt und Technik, die Kapitalkosten und laufende Kosten von Heizungsanlagen unter verschiedenen Heizwärmeverbräuchen und Energiepreisszenarien vergleicht, rechnen sich Pelletheizungen bei geringeren oder gleich bleibenden Energiepreisen im Vergleich zu fossilen Heizsystemen „nur für deutlich überdurchschnittliche Wärmeverbraucher“.

Je mehr Energie etwa bei Niedrigenergiehäusern durch Wärmedämmung eingespart wird, desto mehr schlagen die hohen Anlagenerrichtungskosten im Gesamtpreis über die Lebensdauer durch.

Pelletheizungen stellen dann „unter Annahme konstant niedriger Energiepreise u.U. sogar das teuerste Heizsystem dar“. Pelletheizkessel brächten aber neben Scheitholzheizungen die niedrigsten Gesamtkosten, wenn die Heizkosten fossiler Brennstoffe noch weiter steigen.